1. Изучить Приказ №500 (Правила регистрации) и Приказ №501 (есть на сайте)
2. Собрать документы указанные там.
3. Решить, где будете регистрировать катер: по месту жительства или по месту базирования лодки. Учтите, что катер потребуется показать инспектору при регистрации для проведения первичного ТО.
4. Созвониться с подразделением ГИМС и узнать часы приёма конкретно по вашему случаю регистрации самодельного катера.
5. Уже на месте заполнить заявление установленного образца и оплатить гос. пошлину (в любом отделении Сбербанка) за регистрацию катера.

Помните, что нужно быть готовым ко всему, так как проблемы с индивидуальной постройкой возникают всегда. Гораздо проще регистрировать катер промышленного производства.