Да. В вашем случае государственная регистрация лодки и права на долю в общей долевой собственности на нее производятся на каждого участника покупки лодки.

В результате каждый из участников сделки должен получить после регистрации в ГИМС свой судовой билет, где будет прописана его доля владения (обычно в %) данной лодкой.